Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T

Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T adalah nama spesies bakteri baru dari Filum Bacteroidetes, Famili Enterococcaceae Genus Enterococcus,  yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Nama penunjuk spesies mengacu pada lokasi pertama kali bakteri diisiolasi, yaitu dari seorang wanita asal Burkinabe / Burkina Faso. Burkina Faso merupakan sebuah negara yang terletak di Benua Afrika, tepatnya berada di daerah Afrika barat yang dikelilingi oleh Negara Mali (Utara), Togo dan Ghana (Selatan), Niger (Timur), Benin (Tenggara) dan Pantain Gading (Tenggara) [4].

Eksplorasi mikrobiota tubuh manusia masih terus berlanjut melalui Proyek Mikrobioma Manusia / The Human Microbiome Project. Proyek ini menggunakan pendekatan kulturomik dan taksono-genomik yang memungkinkan ditemukannya spesies-spesies bakteri baru, terutama pada kelompok bakteri yang tidak dapat dikultur dalam medium pertumbuhan. Melalui metode ini setidaknya dapat mengidentifikasi lebih dari 50% mikrobiota yang berada disaluran pencernaan manusia [2,3].

Karakterisasi pada bakteri bertujuan untuk menentukan identitas agar mudah dipelajari. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri ini dilakukan menggunakan pendekatan morfologi, biokimiawi, dan molekuler. Hasil identifikasi secara ringkas dijelaskan pada poin-poin dibawah ini.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• Bakteri telah diisolasi pada bulan September tahun 2018 dari sampel feses seorang wanita normal berusia 28 tahus asal burkinabe, yang sedang menjalani medical check-up penyakit tuberkulosis.
• Sampel diisolasi pada medium yang mengandung 5% darah domba dan pH 7,5 yang diperkaya dengan agar Columbia (bioMerieux, Marcy I'Etoile, France).  Koloni bakteri tumbuh setelah diinkubasi selama 24 jam dalam kondisi aerob pada suhu 37 °C.
• Identifikasi pertama isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German) yang dibandingkan dengan pangkalan data dari Microbe Evolution, Phylogeny, and Infection (MEPHI). Hasil identifikasi menunjukkan tidak adanya kecocokan sampel bakteri dengan database. 

Karakter Fenotip Bakteri

Mikrograf SEM dari bakteri Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T

• Koloni bakteri Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T yang tumbuh pada medium berwarna putih dan halus dengan ukuran diameter 1 mm.
• Sel bakteri berbentuk bulat / kokus, diameter sel 0,7 μm, non-motil, Gram positif (+), tidak membenuk endospora, Katalase dan Oksidase negatif.
• Uji biokimiawi dengan API ZYM menunjukkan reaksi posistif pada uji esterase lipase (c8), lipase (c14), naftol-AS-BI-fosfohidrolase, α-galaktosidase, β-galaktosidase dan N-asetil-β-glukosaminidase. 
• Uji biokimiawi dengan API 50 CH menunjukkan reaksi positif pada uji D-galaktosa, D-glukosa, D-fruktosa, L-arabinosa, D-ribosa, D-manosa, L-ramnosa, D-manitol, N-asetilglukosamin, arbutin, eskulin, salisin, D-selobiosa, D-maltosa, D-trehalosa dan gentibiosa.

Informasi Genetik Bakteri

• Genom bakteri Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T berukuran 2.276.800 pasang basa (bp) dengan konten G+C sebesar 41,9 % yang dipresiksi mampu mengkode 2699 gen.
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T memiliki kemiripan sebesar 97,80 % terhadap Enterococcus gallinarum strain LMG 13129 (GeneBank no. akses NR_104559.2).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA menunjukkan kedekatan dengan bakteri Enterococcus gallinarum strain LMG 13129 dan membentuk percabangan terpisah dalam nomenklatur.
• Analisis OrthoANI menunjukkan kedekatan dengan Enterococcus gallinarum strain LMG 13129 sebesar 70,07%.
• Sekuen whole genome dan nuklotida 16S rRNA bakteri Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T berhasil didaftarkan di GeneBank sebagai novel species dengan nomer akses LR742708 dan NZ_CACSLH00000000.

Pohon Filogenetik bakteri Enterococcus burkinafasonensis strain Marseille-Q0835T

Sumber & Referensi

1. Gouba, N. et. al. Enterococcus burkinafasonensis sp. nov. Isolated from Human Gut Microbiota. J. NMNI, May, 19 2020. Elsivier Ltd. DOI: https://doi.org/10.1016/j.nmni.2020.100702.
2. Lagier, J.C., et al. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.1111/1469-0691.12023.
3. Turnbaugh, P.J., Ley, R.E., Hamady, M., Frasser-Liggett, C.M., Knight, R., dan Gordon, J.L. The human microbiome project. Nature 2007;449:804-10.
4. Wikipedia - Burkina Faso.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post