Senegalia massiliensis Strain Marseille-P2130T

Senegalia massiliensis strain Marseille-P2130T adalah nama spesies bakteri baru dari Filum Firmicutes, Kelas Clostridia, Ordo Clostridiales, Famili CLostridiaceae, Genus Senegalia,  yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Eksplorasi mikrobiota tubuh manusia melalui The Human Microbiome Project menggunakan pendekatan kulturomik dan taksono-genomik memungkinkan ditemukannya spesies-spesies bakteri baru, terutama pada jenis yang tidak dapat dikultur dalam medium pertumbuhan. Melalui metode ini dapat mengidentifikasi lebih dari 50% mikrobiota yang berada disaluran pencernaan manusia.

Identifikasi dan determinasi spesies bakteri dilakukan menggunakan pendekatan morfologi, biokimiawi, dan molekuler. Hasil identifikasi secara ringkas dijelaskan pada poin-poin dibawah ini.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• Bakteri diisolasi pada tahun 2015 dari sampel feses seorang anak laki-laki normal berusia 13 tahun asal Senegal.
• Sampel diisolasi pada medium yang mengandung 5% darah domba yang diperkaya dengan agar Columbia (bioMerieux, Marcy I'Etoile, France).  Koloni bakteri tumbuh setelah diinkubasi selama 2 hari dalam kondisi anaerob pada suhu 37 °C.
• Skrining isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German) yang dibandingkan dengan pangkalan data dari Microbe Evolution, Phylogeny, and Infection (MEPHI).

Karakter Fenotip Bakteri

Pewarnaan Gram (kiri) dan Mikrograf SEM dari bakteri Senegalia massiliensis strain Marseille-P2130T

• Koloni bakteri yang tumbuh pada medium berwarna abu-abu transparan dengan ukuran 0,5 - 1 mm.
• Sel bakteri berbentuk batang / basil, berukuran panjang 3,2 μm, lebar 0,4 μm, motil, Gram positif (+), tidak membentuk endospora, Katalase positif dan Oksidase negatif.
• Senegalia massiliensis tumbuh pada kisaran pH 6 - 8,5 dengan pH optimal 7.
• Bakteri ini dapat tumbuh pada kondisi minium Oksigen (mikroaerofilik).
• Uji biokimiawi dengan API ZYM menunjukkan reaksi posistif pada uji esterase, esterase lipase, alkalin fosfatase, α-kimotripsin, asam fosfatase, naftol-AS-BI-fosfohidrolase dan β-galaktosidase.
• Uji biokimiawi dengan API 50 CH menunjukkan reaksi positif pada uji gliserol, D-ribosa, L-xilosa, D-galaktosa, D-glukosa, D-fruktosa, D-mannosa, L-ramnosa, inositol, D-mannitol, D-sorbitol, metil α-D-glukopiranosid, N-asetilglukosamin, amigdalin, arbutin, salisin, D-selobiose, D-maltose, D-xilosa, D-fruktosa, L-fukosa, D-arabitol, potasium glukonat dan pati.

Informasi Genetik Bakteri

• Genom bakteri Senegalia massiliensis strain Marseille-P2130T berukuran 2.866.883 pasang basa (bp) dengan konten G+C sebesar 27,39 % dan 2.933 gen pengkode.
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Senegalia massiliensis strain Marseille-P2130T memiliki kemiripan sebesar 92,74 % terhadap Brassicibacter thermophilus strain Cel2f (GeneBank no. akses NR_137216).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA membentuk percabangan terpisah dengan spesies bakteri Brassicibacter thermophilus strain Cel2f dengan nilai 95%.
• Analisis OrthoANI menunjukkan kedekatan tertinggi antara C. kiritimatiensis dan S. messiliensis sebesar 70,05%.
• Sekuen nuklotida 16S rRNA dan genom bakteri Senegalia massiliensis strain Marseille-P2130T berhasil didaftarkan di GeneBank sebagai novel species dengan nomer akses UZAQ00000000 dan LN881608.

Sumber & Referensi

• Traore, S.I et al. Detailed description of Senegalia massiliensis strain Marseille-P2130T, a bacterium isolated from the human gut. NMNI Journal, May 2020, Elsevier Ltd. DOI: https://doi.org/10.1016/j.nmni.2020.100700.
• Lagier, J.C., Armougom, F., Million, M., Hugon, P., Pagnier, I., robert, C., Bittar, F., Fornous, G., Gimenez, G., Maraninchi, M., Trape, J.F., Koonin E.V., Scola, B.L., dan Raoult, D. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.0000/1469.12023.
• Turnbaugh, P.J., Ley, R.E., Hamady, M., Frasser-Liggett, C.M., Knight, R., dan Gordon, J.L. The human microbiome project. Nature 2007;449:804-10.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post