Prevotella rectalis strain Marseille-P4334T

Prevotella rectalis strain Marseille-P4334T adalah nama spesies bakteri baru dari Filum Bacteroidetes, Genus Prevotella,  yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Eksplorasi mikrobiota tubuh manusia melalui The Human Microbiome Project menggunakan pendekatan kulturomik dan taksono-genomik memungkinkan ditemukannya spesies-spesies bakteri baru, terutama pada jenis yang tidak dapat dikultur dalam medium pertumbuhan. Melalui metode ini dapat mengidentifikasi lebih dari 50% mikrobiota yang berada disaluran pencernaan manusia.

Karakterisasi pada bakteri bertujuan untuk menentukan identitas agar mudah dipelajari. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri ini dilakukan menggunakan pendekatan morfologi, biokimiawi, dan molekuler. Hasil identifikasi secara ringkas dijelaskan pada poin-poin dibawah ini.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• Bakteri telah diisolasi pada tahun 2017 dari rektum manusia. Rektum merupakan salah satu organ saluran pencernaan yang berada diujung usus besar dan memiliki fungsi untuk menyimpan feses sementara sebelum dikeluarkan.
• Sampel diisolasi pada medium yang mengandung 5% darah domba yang diperkaya dengan agar Columbia (bioMerieux, Marcy I'Etoile, France).  Preinkubasi dilakukan selaman 3 hari dan koloni bakteri tumbuh setelah diinkubasi selama 5 hari dalam kondisi anaerob pada suhu 37 °C.
• Identifikasi pertama isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German) yang dibandingkan dengan pangkalan data dari Microbe Evolution, Phylogeny, and Infection (MEPHI). Namun hasil identifikasi menggunakan metode ini tidak menunjukkan hasil setelah diulang 3 kali. 

Karakter Fenotip Bakteri

Mikrograf SEM dari bakteri Prevotella rectalis strain Marseille-P4334T

• Koloni bakteri yang tumbuh pada medium berwarna hitam dan halus dengan ukuran diameter 0,5 - 1 mm.
• Sel bakteri berbentuk batang / basil, berukuran panjang 1 - 3 μm, lebar 0,4 - 0,6 μm, non-motil, Gram negatif (-), Katalase positif dan Oksidase negatif.
• Bakteri ini hanya dapat tumbuh pada kondisi tanpa oksigen (obligat anaerobik).
• Uji biokimiawi dengan API ZYM menunjukkan reaksi posistif pada uji esterase (C4), esterase lipase (c8), valin arilamidase, naftol-AS-BI-fosfohidrolase, α-galaktosidase, β-glukosidase.
• Uji biokimiawi dengan API 50 CH hanya menunjukkan reaksi positif pada uji D-galaktosa.
• Sifat patogen pada bakteri ini belum sepenuhnya diketahui. 

Informasi Genetik Bakteri

• Genom bakteri Prevotella rectalis strain Marseille-P4334T berukuran 3.039.397 pasang basa (bp) dengan konten G+C sebesar 43,3 %.
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Prevotella rectalis strain Marseille-P4334T memiliki kemiripan sebesar 96,4 % terhadap Prevotella corporis strain JCM 8529 (GeneBank no. akses NR_113099.1).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA membentuk percabangan terpisah dengan spesies bakteri Prevotella corporis strain JCM 8529, dan memiliki kedudukan nomenklatur sendiri.
• Analisis OrthoANI menunjukkan kedekatan tertinggi dengan Prevotella corporis strain JCM 8529 sebesar 68,57%.
• Sekuen whole genome dan nuklotida 16S rRNA bakteri Prevotella rectalis strain Marseille-P4334T berhasil didaftarkan di GeneBank sebagai novel species dengan nomer akses LS488976 dan UWTY00000000.

Pohon Filogenetik bakteri Prevotella rectalis strain Marseille-P4334T

Sumber & Referensi

• Belkacemi, S., et al. Description of Prevotella rectalis sp. nov., a new bacterium isolated from human rectum. J. NMNI, May, 22, 2020. Elsivier Ltd. DOI: https://doi.org/10.1016/j.nmni.2020.100703.
• Lagier, J.C., et al. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.1111/1469-0691.12023.
• Turnbaugh, P.J., Ley, R.E., Hamady, M., Frasser-Liggett, C.M., Knight, R., dan Gordon, J.L. The human microbiome project. Nature 2007;449:804-10.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post