Pseudoruminococcus massiliensis (Marseille-P3876T)

Pseudoruminococcus massiliensis strain Marseille-P3876T adalah nama spesies bakteri baru dari genus Ruminococcaceae, famili Ruminococcaceae, filum Firmicutes, yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Eksplorasi mikrobiota tubuh manusia melalui The Human Microbiome Project menggunakan pendekatan kulturomik memungkinkan ditemukannya spesies-spesies baru bakteri, terutama pada jenis yang tidak dapat dikultur. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri sudah dilakukan secara morfologi, biokimiawi, dan pendekatan molekuler.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• Bulan Maret Tahun 2017 bakteri diisolasi dari sampel feses seorang pria dewasa normal (32 tahun) asal Senegal yang akan menjadi pendonor transplantasi fekal.
• Skrining isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German).
• Pre-inkubasi sampel feses dilakukan selama 10 hari pada kondisi anaerob dalam medium yang mengandung 2 ml darah domba dan 2 ml rumen.
• Koloni bakteri tumbuh setelah diinkubasi pada kondisi anaerob selama 96 jam dengan suhu 37 °C dalam medium yang mengandung 5% darah domba diperkaya agar Columbia (bioMerieux, Marcy I'Etoile, France).

Karakter Fenotip Bakteri

Mikrograf SEM bakteri Pseudoruminococcus massiliensis strain Marseille-P3876T 

• Koloni bakteri yang tumbuh pada medium berwarna abu-abu transparan, permukaan halus dengan diameter 0,2 - 1,5 mm.
• Sel bakteri bersifat non motil, Gram negatif (-), berbentuk kokus/bulat dengan ukuran panjang 0,6 μm dan lebar 0,45 μm. Negatif uji katalase dan Oksidase.
• Sel bakteri mampu tumbuh secara anaerobik, aerobiosis, anaerobiosis dan mikroaerofilik. Suhu dan pH otimum pertumbuhan aadalah 37°C dan 6,5.  

Informasi Genetik Bakteri

• Genom bakteri Pseudoruminococcus massiliensis strain Marseille-P3876T berukuran 2.428.410 pasang basa (bp) dengan konten G+C sebesar 37,6 %. 
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Pseudoruminococcus massiliensis strain Marseille-P3876T memiliki kemiripan sebesar 92,01 % terhadap Ruminococcus bromii strain ATCC 27255 (GeneBank no. akses L76600).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA satu percabangan dengan spesies Ruminococcus bromii strain ATCC 27255. 
• Analisis dengan aplikasi OrthoANI menunjukkan kedekatan dengan bakteri Ruminococcus bromii strain ATCC 27255 sebesar 63,93%.
• Sekuen nuklotida 16S rRNA bakteri Pseudoruminococcus massiliensis strain Marseille-P3876T berhasil didaftarkan di GeneBank dengan nomer akses LT985454.1 dan OLMR00000000.1.

Sumber dan Referensi

• Lagier, J.C., Armougom, F., Million, M., Hugon, P., Pagnier, I., robert, C., Bittar, F., Fornous, G., Gimenez, G., Maraninchi, M., Trape, J.F., Koonin E.V., Scola, B.L., dan Raoult, D. 2012. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.0000/1469.12023.
• Afouda, P., Dubourg, G., Nguyen, T.T., Raoult, D., dan Fournier, P.E. 2020. Pseudominococcus massiliensis gen. nov., sp. nov., a new bacterium isolated from the the human gut microbiota. New microbe and New Infect Journal 2020; 34: 100645, Elsivier Ltd. Publisher. DOI: 10.1016/j.nmni.2019.100645.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post