Patogenisitas Virus SARS CoV-2 yang Diperantarai Sifat Genotip dan Fenotip
Covid-19 adalah suatu penyakit saluran pernafasan manusia yang mirip gejala pneumonia dan disebabkan oleh virus SARS CoV-2. Kasus infeksi pertama oleh oleh virus ini dilaporkan muncul di Kota Wuhan, Provinsi Hubei, China pada akhir Desember 2019. Virus yang awalya diberi nama 2019-nCoV ini telah dilaporkan menjangkiti berbagai negara dibelahan dunia. Data terakhir menunjukkan lebih dari 2 juta penduduk dunia positif terinfeksi Covid-19 dan tidak kurang dari 140.000 orang meninggal dunia.
{tocify} $title={Daftar isi}
A. Sifat Genotip dan Fenotip Virus Covid-19
Penyebaran infeksi yang cepat dari virus SARS CoV-2 disebabkan oleh daya patogenisitas yang tinggi. Patogenisitas virus SARS CoV-2 diperantarai oleh sifat genotip dan fenotip yang dimilikinya.
Sifat genotip diperankan oleh materi genetik yang berada didalam virus, yaitu berupa untai tunggal RNA positif dengan berbagai perangkatnya. Sedangkan sifat fetotip diperankan oleh struktur dan bagian-bagian tubuh virus yang berupa protein struktural maupun non struktural. Protein virus yang mempengaruhi patogenisitas virus salah satunya adalah protein spike (S).
B. Struktur Genomik Virus SARS CoV-2
Virus SARS CoV-2 mempunyai materi genetik berupa untai tunggal RNA positif berukuran 30kb (29891 nukleotida) dengan kandungan G + C sebesar 38%. Materi genetiknya juga berasosiasi dengan nukleoprotein dan mampu menyandi sekitar 9860 asam amino.
Materi genetik virus SARS CoV-2 mempunyai 12 Open Reading Frames (ORFs) fungsional dengan satu set 9 subgenomik mRNA yang membawa sekuen lestari (conserve). Selain itu terdapat 9 sekuen pengatur transkripsi dan 2 bagian terminal yang tidak diterjemahkan.
Genom virus SARS CoV-2 jarang ditemukan gen penyandi hemaglutinin-esterase yang secara karakteristik juga ditemukan di A βCoV.
2 dari ketiga RNA virus berlokasi di ORFs pertama yang menerjemahkan poliprotein, pp1a dan pp1ab dan mengkode 16 protein non struktural, yang secara bersamaan diterjemahkannya akesori dan struktural protein oleh ORFs.
16 protein non struktural mengandung 2 viral cystein protease yang dinamakan NSP2 (protease seperti papain) dan NSP 5 (protease utama), NSP 12 (RNA-dependent RNA polymerase), NSP13 (Helicase) dan NSP lainnya yang terlibat dalam transkripsi dan replikasi. Bagian lain dari genom virus mengkode protein struktural seperti protein E, M, S dan E.
SARS CoV-2 berkorelasi dekat dengan SARS CoVs yang ada di kelelawar berdasarkan keseluruhan sekuen genom.
Mutasi yang diamati di NSP2 dan NSP3 dan protein spike (S) yang berperan dalam kemampuan infeksi dan perbedaan mekanisme infeksi virus SARS CoV-2.
Terdapat strain virus SARS CoV-2 yang ditemukan dan diberi nama Tipe-L dan Tipe-S. Tipe-L merupakan derivasi dari Tipe-S (pertama) dan bersifat lebih agresif dan infektif.
C. Struktur Protein Spike Virus SARS CoV-2
Protein spike terdiri dari 2 subunit yaitu S1 dan S2. Subunit S1 mengandung pensinyalan peptida yang diikuti oleh domain N-terminal dan domain pengikat reseptor. Subunit S2 mengandung peptida fusi yang lestari, heptad repeat 1 dan 2, domain transmembrane dan domain sitoplasma.
Subunit S2 dari SARS CoV-2 bersifat sangat lestari sebesar 99% dibandingkan bat SARS CoV (kelelawar) dan human SARS CoV (MERS).
Spike glikoprotein mengikat reseptor ACE2 manusia yang menargetkan sel saluran pernafasan. Protein spike bersifat rigid dan kompak sehingga menyababkan ikatan kuat dibadingkan virus jenis lainnya.
Setelah protein spike mengikat reseptor didalam sel target, selubung virus akan berfusi dengan membran sel dan melepaskan genom virus kedalam sel target.
D. Sumber & Referensi
- Chan JF, Kok K, Zhu Z, Chu H, To KK, Yuan S and Yuen K (2020). Genomic characterization of the 2019 novel humanpathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan, Emerging Microbes & Infections, 9:1, 221-236, DOI: 10.1080/22221751.2020.1719902.
- Leila, M and Sorayya, G (2020). Genotype and phenotype of COVID-19: Their roles in pathogenesis, Journal of Microbiology, Immunology and Infection, doi.org/10.1016/j/jmii.2020.03.022.
- https://microbenotes.com/structure-and-genome-of-sars-cov-2/
- Ou X, Liu Y, Lei X, et al. Characterization of spike glycoprotein of SARS-CoV-2 on virus entry and its immune cross-reactivity with SARS-CoV. Nature Communications (2020) 11:1620 | https://doi.org/10.1038/s41467-020-15562-9.
- Xia S, Liu M, Wang C, et al.Inhibition of SARS-CoV-2 (previously 2019-nCoV) infection by a highly potent pan-coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion. Cell Res 30, 343–355 (2020). https://doi.org/10.1038/s41422-020-0305-x.
0 Response to "Patogenisitas Virus SARS CoV-2 yang Diperantarai Sifat Genotip dan Fenotip"
Post a Comment