Parabacteroides pacaensis (Marseille-P4001T)

Parabacteroides pacaensis strain Marseille-P4001T adalah nama spesies bakteri baru dari genus Parabacteroides, famili Tannerellaceae berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Eksplorasi mikrobiota tubuh manusia melalui The Human Microbiome Project menggunakan pendekatan kulturomik dan taksono-genomik memungkinkan ditemukannya spesies-spesies baru bakteri, terutama pada jenis yang tidak dapat dikultur dalam medium pertumbuhan. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri sudah dilakukan secara morfologi, biokimiawi, dan pendekatan molekuler.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• Bakteri diisolasi dari sampel feses orang normal asal Provinsi Alpes Cote d'Zur Perancis.
• Skrining isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German).
• Koloni bakteri tumbuh setelah diinkubasi selama 7 hari pada kondisi anaerob dengan suhu 37 °C dalam medium yang mengandung 5% darah domba diperkaya agar Columbia (bioMerieux, Marcy I'Etoile, France).

Karakter Fenotip Bakteri

Mikrograf SEM bakteri Parabacteroides pacaensis strain Marseille-P4001T 

• Koloni bakteri yang tumbuh pada medium berwarna abu-abu dengan permukaan halus.
• Sel bakteri bersifat Gram negatif (-), tidak membentuk endospora, berbentuk basil / batang dengan ukuran panjang 1,5 μm dan diameter 0,5 μm. Positif uji katalase dan negatif uji Oksidase.
• Sel bakteri tumbuh secara optimal pada kondisi anaerobik,  suhu antara 28 - 30°C dan pH 7,0. 
• Uji biokimiawi dengan API ZYM dan API 50CH menunjukkan reaksi posistif pada uji esterase (C4), leusin arilamidase, α-galaktosidase, β-galaktosidase, N-asetil-β-glikosaminidase, alkalin fosfatase, eskulin ferik sitrat, D-melezitos, D-sakarosa, D-manitol, metil-αD-glukopiranosid dan glikogen.

Informasi Genetik Bakteri

Kedudukan bakteri Parabacteroides pacaensis strain Marseille-P4001T dalam Pohon Filogenetik terhadap genus Parabacteroides

• Genom bakteri Parabacteroides pacaensis strain Marseille-P4001T berukuran 5.238.628 pasang basa (bp) dengan konten G+C sebesar 39,21 %. 
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Parabacteroides pacaensis strain Marseille-P4001T memiliki kemiripan sebesar 92,68 % terhadap Parabacteroides gordoni strain MS-I (GeneBank no. akses NR112835.1).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA membentuk percabangan terpisah dengan spesies Parabacteroides gordoni strain MS-I dengan nilai 67. 
• Analisis dengan aplikasi OrthoANI menunjukkan kedekatan dengan bakteri Parabacteroides gordoni strain MS-I  sebesar 82,18%.
• Sekuen nuklotida 16S rRNA bakteri Parabacteroides pacaensis strain Marseille-P4001T berhasil didaftarkan di GeneBank sebagai novel species dengan nomer akses LT985457 pada proyek whole genome bernomor OLMR01000001 - OLMR01000014.
• Nama penunjuk spesies pacaensis diambil dari singkatan PACA (Province Alpez Cote d'Azur) yang menjadi daerah dimana bakteri pertama kali diisolasi. 

Sumber dan Referensi

• Afouda, P., Dubourg, G., Nguyen, T.T., Raoult, D., dan Fournier, P.E. Pseudominococcus massiliensis gen. nov., sp. nov., a new bacterium isolated from the the human gut microbiota. New microbe and New Infect Journal 2020; 34: 100645, Elsivier Ltd. Publisher. DOI: 10.1016/j.nmni.2019.100645.
• Lagier, J.C., Armougom, F., Million, M., Hugon, P., Pagnier, I., robert, C., Bittar, F., Fornous, G., Gimenez, G., Maraninchi, M., Trape, J.F., Koonin E.V., Scola, B.L., dan Raoult, D. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.0000/1469.12023.
• Turnbaugh, P.J., Ley, R.E., Hamady, M., Frasser-Liggett, C.M., Knight, R., dan Gordon, J.L. The human microbiome project. Nature 2007;449:804-10.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post