Parabacteroides bouchesdurhonensis (Marseille-P3763T)

Parabacteroides bouchesdurhonensis strain Marseille-P3763T adalah nama spesies bakteri baru dari genus Parabacteroides, famili Tannerellaceae, filum Bacteroidetes, yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Bakteri ini diisolasi dari sampel feses seorang pria dewasa normal dengan pendekatan kulturomik. Kulturomik adalah sebuah konsep pengembangan kondisi kultivasi yang berbeda agar memperluaas pengetahuan tentang mikrobiota manusia berdasarkan penemuan-penemuan bakteri yang tidak dapat dikultivasi sebelumnya. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri sudah dilakukan secara morfologi, biokimiawi, dan pendekatan molekuler.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• Tahun 2016 bakteri diisolasi dari sampel feses seorang pria dewasa normal.
• Skrining isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German).
• Bakteri ditumbuhkan secara anaerob pada medium agar yang mengandung 5% darah domba dengan pH 7,5 dan diinkubasi pada suhu 37 °C. Koloni bakteri diperoleh setelah 48 jam.

Karakter Fenotip Bakteri

Mikrograf SEM bakteri Parabacterioides bouchesdurhonensis strain Marseille-P3763T 

• Koloni bakteri yang tumbuh pada medium berwarna krem, berbentuk sirkular dengan diameter 1 mm.
• Sel bakteri bersifat non motil, tidak membentuk endospora, Gram negatif (-), berbentuk basil/batang dengan ukuran panjang 0,4 - 0,8 μm dan lebar 0,7 - 1,2 μm.
• Positif uji katalase dan negatif uji Oksidase.
• Sel bakteri tumbuh baik pada suhu 37°C. Toleran terhadap suhu rendah hingga 28°C dan suhu tinggi hingga 45°C. 
• Uji Biokimiawi dilakukan dengan strip APY ZYM dan API 50CH (bio Merieux). Semua menunjukkan reaksi positif uji kecuali pada uji eskulin, D-selobiosa, Potassium 2-ketoglukonat pada API 50CH, dan Uji lipase (C14), valin arilamidase, tripsin, α-kimotripsin, β-glukuronidase, β-glukosidase dan α-mannosidase pada APY ZYM.   

Informasi Genetik Bakteri

• Genom bakteri Parabacteroides bouchesdurhonensis strain Marseille-P3763T berukuran 3,7321 pasang mega basa (Mb) dengan konten G+C sebesar 40.8 % yang diprediksi mampu mengkode 3024 protein. 
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Parabacteroides bouchesdurhonensis strain Marseille-P3763T memiliki kemiripan sebesar 96,68 % terhadap Parabacterioides chinchilae strain JCM 17104 (GeneBank no. akses NR_1132081.1).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA satu percabangan dengan spesies Parabacteroides chinchilae strain JCM 17104 dengan nilai 92. 
• Analisis dengan aplikasi OrthoANI menunjukkan kedekatan dengan bakteri Parabacterioides chinchilae strain JCM 17104 sebesar 78,30%.
• Sekuen nuklotida 16S rRNA bakteri Parabacteroides bouchesdurhonensis strain Marseille-P3763T berhasil didaftarkan di GeneBank dengan nomer akses LT722681 dan FYCK00000000.

Sumber dan Referensi

• Lagier, J.C., Armougom, F., Million, M., Hugon, P., Pagnier, I., robert, C., Bittar, F., Fornous, G., Gimenez, G., Maraninchi, M., Trape, J.F., Koonin E.V., Scola, B.L., dan Raoult, D. 2012. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.0000/1469.12023.
• Yimagou, E.K., Dione, N., Ngom, I.I., Tall, M.L., Baudoin, J.P., Raoult., dan Khalil, J.Y.B. 2020. Parabacteroides bouchesdurhonensis  sp. nov., a new bacterium isolated from the stool of healthy adult. New microbe and New Infect Journal 2020; 34: 100639, Elsivier Ltd. Publisher. DOI: 10.1016/j.nmni.2019.100639.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post