Enorma burkinafasonensis (Marseille-P9525T)

Enorma burkinafasonensis strain Marseille-P9525T adalah nama spesies bakteri baru dari genus Enorma, filum Actinobacteria yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Eksplorasi mikrobiota tubuh manusia melalui The Human Microbiome Project menggunakan pendekatan kulturomik dan taksono-genomik memungkinkan ditemukannya spesies-spesies bakteri baru, terutama pada jenis yang tidak dapat dikultur dalam medium pertumbuhan. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri sudah dilakukan secara morfologi, biokimiawi, dan pendekatan molekuler.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• September 2018 bakteri diisolasi dari sampel feses seorang wanita asal Burkinabe, Afrika Barat yang terindikasi menderita tuberkulosis.
• Sampel diisolasi pada medium yang mengandung 5% darah domba dengan pH 7,5 diperkaya agar Columbia (bioMerieux, Marcy I'Etoile, France).  Koloni bakteri tumbuh setelah diinkubasi selama 3 hari dalam kondisi anaerob pada suhu 37 °C .
• Skrining isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German) yang dibandingkan dengan pangkalan data dari Microbe Evolution, Phylogeny, and Infection (MEPHI).

Karakter Fenotip Bakteri

Mikrograf SEM bakteri Enorma burkinafasonensis strain Marseille-P9525T

• Koloni bakteri yang tumbuh pada medium berbentuk sirkular dengan permukaan halus.
• Sel bakteri bersifat Gram positif (+), negatif uji katalase dan Oksidase, tidak membentuk endospora, berbentuk basil / batang dengan ukuran panjang 1,7 μm dan lebar 0,3 μm.
• Uji biokimiawi dengan API ZYM menunjukkan reaksi posistif pada uji asam fosfatase, sistin arilamidase, esterase (C4), esterase lipase (C8), leusin arilamidase, lipase (C14), naftol-AS-BI-fosfohidrolase, valin arilamidase, α-glukosidase dan β-galaktosidase. API 50CH menunjukkan reaksi positif pada uji metil-βD-xilopiranosid, D-galaktosa, D-glukosa, metil-αD-glukopiranosid, arbutin dan inulin.

Informasi Genetik Bakteri

• Genom bakteri Enorma burkinafasonensis strain Marseille-P9525T berukuran 2,23411 pasang Mega basa (Mb) dengan konten G+C sebesar 66,8 %.
• Genome bakteri mempunyai satu bagian pengulangan, 1951 bagian gen, 1902 gen pengkode protein dan 49 gen tRNA.
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Enorma burkinafasonensis strain Marseille-P9525T memiliki kemiripan sebesar 98,30 % terhadap Enorma phocaensis strain Marseille P3242 (GeneBank no. akses NR_147403.1).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA membentuk percabangan terpisah dengan spesies bakteri Enorma phocaensis strain Marseille P3242.
• Analisis dengan aplikasi OrthoANI menunjukkan kedekatan dengan bakteri Enorma phocaensis strain Marseille P3242 sebesar 80,77%.
• Sekuen nuklotida 16S rRNA dan genom bakteri Enorma burkinafasonensis strain Marseille-P9525T berhasil didaftarkan di GeneBank sebagai novel species dengan nomer akses LR743709 dan GCA_902150035.1.

Sumber & Referensi

• Gouba, N., Hassani, Y., Saad, J., Drancourt, M., Fonkou, D.M., dan Fellag, M. Enorma burkinafasonensis sp. mov., a new bacterium isolated from a Human Gut Microbiota. New Microbes and New Infection Journal, April 19, 2020. DOI:  http://doi.org/10/1016/j.nmni.2020.100687.
• Lagier, J.C., Armougom, F., Million, M., Hugon, P., Pagnier, I., robert, C., Bittar, F., Fornous, G., Gimenez, G., Maraninchi, M., Trape, J.F., Koonin E.V., Scola, B.L., dan Raoult, D. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.0000/1469.12023.
• Turnbaugh, P.J., Ley, R.E., Hamady, M., Frasser-Liggett, C.M., Knight, R., dan Gordon, J.L. The human microbiome project. Nature 2007;449:804-10.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post