Deteksi SARS CoV-2 Penyebab COVID-19 Dengan Metode PCR
Virus Corona jenis baru atau dikenal dengan istilah Covid-19 telah menjadi wabah diseluruh dunia. Sejak diumumkan menjadi wabah global atau global pandemic oleh badan kesehatan dunia (WHO), Covid-19 menjadi perhatian dan tanggung jawab bersama. Tidak hanya di kota Wuhan (China) yang notabene sebagai episentrum persebaran, namun negara-negara besar lain seperti Korea Selatan, Italia, Australia, Iran, US bahkan Indonesia juga telah telah melaporkan adanya kasus Covid-19. Kasus infeksi baru maupun kematian sudah menjadi berita hangat di beberapa media setiap harinya.
{tocify} $title={Daftar isi}
A. Awal Penamaan Virus Penyebab Covid-19
Nama virus Corona adalah SARS CoV-2, sedangkan penyakitnya bernama Covid-19 (Corona Virus Disease - 2019). Penamaan virus ini berdasarkan kesepakatan di forum International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), karena virus ini mempunyai kemiripan dengan gejala yang disebabkan oleh virus SARS (SARS CoV-1) yang pernah mewabah pada tahun 2003.
Berdasarkan analisis secara molekuler berbasis data sekuen genom, virus SARS CoV-2 dikelompokkan ke dalam virus RNA yang berkerabat dekat dekat dengan virus corona yang ditemukan pada hewan kelelawar. Para ahli menduga virus tersebut mengalami mutasi menjadi spesies lain yang lebih infektif, dan juga memiliki kemampuan untuk menginfeksi manusia.
B. Deteksi Covid-19 dengan Metode PCR
Pasien yang memiliki gejala infeksi Covid-19 tidaklah secara langsung dapat ditetapkan, sebelum melalui langkah deteksi agensia penyebab penyakit. Langkah deteksi yang biasanya digunakan oleh para tenaga kesehatan dalam menangani kasus Covid-19 adalah menggunakan metode Polymerase Chain Reaction atau disingkat PCR.
Metode PCR adalah metode yang digunakan menggandakan materi genetik secara buatan (invitro) menggunakan sebuah alat bernama Thermal Cycler. Menggunakan alat tersebut materi genetik dapat digandakan sesuai dengan kebutuhan. Selanjutnya, materi genetik yang telah digandakan akan mempermudah untuk mempelajarinya. Misalnya pada kasus pasien Covid-19 yang saat dideteksi dengan metode PCR dan ditemukan adanya materi genetik virus SARS CoV-2 dalam kuantitas tertentu, maka dapat menjadi dasar penetapan diagnosis.
C. Prinsip Metode PCR untuk Deteksi Covid-19
Prinsip kerja dari metode PCR adalah dengan melakukan reaksi berantai polimer untuk memperbanyak materi genetik secara artifisial. Cara kerja dari metode ini awalnya materi genetik yang dapat berupa DNA atau RNA diestraksi dan diisolasi dari dalam tubuh organisme. Misalnya pada kasus pasien Covid-19, materi genetik virus SARS CoV-2 diambil dari kelenjar yang terdapat didaerah saluran pernafasan pasien seperti nasofaring atau orofaring. Sampel kelenjar selanjutnya diproses untuk mendapatkan materi genetik virus.
Selanjutnya materi genetik diperbanyakan (diamplifikasi) menggunakan mesin Thermal Cycler. Saat proses amplifikasi terdapat sepasang nukleotida pelacak atau sering disebut dengan istilah primer untuk mendeteksi ada tidaknya meteri genetik virus di dalam sampel. Setelah terdeteksi, materi genetik virus akan digandakan sesuai dengan jumlah siklus yang ditetapkan. Konsentrasi materi genetik virus dibaca menggunakan gel agarosa atau dapat dibaca secara langsung menggunakan mesin PCR tertentu. Apabila ditemukan materi genetik virus dalam jumlah konsentrasi tertentu, maka dapat digunakan sebagai dasar menentukan tingkat keparahan pasien dari inifeksi virus SARS CoV-2.
Saat ini metode PCR sudah berkembang menjadi Real Time (RT-PCR) atau disebut juga quantitive PCR (qPCR). Dibandingkan metode PRC konvensional, metode qPCR moderen, karena kuantitas materi genetik yang digandakan sudah terhitung secara langsung tanpa harus melewati prosedur visualisasi menggunakan gel agarosa. Keuntungan lainnya adalah pada metode qPCR tidak memakan yang cukup waktu lama untuk mengetahui hasilnya.
D. Sumber dan Referensi
- https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/naming-the-coronavirus-disease-(covid-2019)-and-the-virus-that-causes-it
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31992387
0 Response to "Deteksi SARS CoV-2 Penyebab COVID-19 Dengan Metode PCR"
Post a Comment