Corynebacterium neomassiliense (Marseille-P3888T)

Corynebacterium neomassiliense strain Marseille-P3888T adalah nama spesies baru dari bakteri genus Corynebacterium, famili Corynebacteriaceae, filum Actinobacteria, yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Bakteri ini diisolasi dari sampel feses seorang pria dengan kelainan tubuh berupa kekerdilan (pygmy). Pemberian nama penunjuk spesies neomassiliense diambil dari nama latin Massilia atau Marseille (Perancis) yang merupakan lokasi pertama kali bakteri diisolasi. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri sudah dilakukan secara morfologi, biokimiawi, dan pendekatan molekuler.

Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

• Bulan Juni Tahun 2017 bakteri berhasil diisolasi dari sampel feses seorang pria berusia 49 tahun yang mempunyai kelainan kesehatan berupa kekerdilan.
• Skrining isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German).
• Bakteri ditumbuhkan secara anaerob dalam botol kultur tertutup (bioMerieux, Marcy I'Etoile, France) pada suhu 37 °C yang diperkaya 5 ml darah domba.

Karakter Fenotip Bakteri

Mikrograf SEM bakteri Corynebacterium neomassiliense strain Marseille-P3888T 

• Koloni bakteri yang tumbuh pada medium berwarna putih dan pucntiform.
• Sel bakteri bersifat Gram positif (+), berbentuk basil/batang dengan panjang 3 μm dan berdiameter 0,5 μm.
• Sel bakteri mengandung asam lemak hexadecenoic (61%) dan asam 9-octadecenoic (32%) setelah dianalsisis dengan metode Gas Kromatografi.
• Sel bakteri tidak mempu menghasilkan endospora dan mampu tumbuh dengan baik disegala kondisi lingkungan, termasuk pH = 5, 6, 7, 7.5, 8, dan 8.5 serta pada suhu = 20, 28, 31, 37, dan 45 °C. Namun, suhu >45 °C akan mengrhambat pertumbuhannya.  
• Uji Katalase menunjukkan hasil positif sedangkan uji Oksidase menunjukkan hasil negatif. 
• Uji Biokimiawi dilakukan dengan strip APY ZYM, API Coryne dan API 50CH (bio Merieux).
• Reaksi positif hanya terdapat pada uji esterase C4,esterase lipase C8, esterase-lipase C14, asam fosfat, naftol-ASBI-fosfathidrolase, glukosidase, urease, D-fruktosa, dan D-trehalosa.  

Informasi Genetik Bakteri

• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Corynebacterium neomassiliense strain Marseille-P3888T memiliki kemiripan sebesar 98,10 % terhadap Corynebacterium terpenotabium strain Y-11 (GeneBank no. akses NR_121699.2).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA menunjukkan takson yang berkedudukan sendiri dengan spesies bakteri lain yang berkerabat dekat. 
• Genom bakteri Corynebacterium neomassiliense strain Marseille-P3888T berukuran 3,1 pasang mega basa meliputi 18 bagian dengan konten G+C sebesar 66.83 %.
• Analisis dengan aplikasi OrthoANI menunjukkan kedekatan dengan Corynebacterium nuruki S6-4 dan C. terpenotabium sebesar 79,03%.
• Perbedaan kedudukan takson, nilai perbedaan filogenetik 16S rRNA >1,3% dan nilai OrthoANI <95% mengklasifikasikan Corynebacterium neomassiliense strain Marseille-P3888T sebagai spesies baru dan sekueen 16S rRNA telah didaftarkan pada GeneBank.

Sumber dan Referensi

• Boxberger, M., Hasni, I., Bilen, I dan Scola. B.L. 2020. Corynebacterium neomassiliense sp. nov., a new bacterium isolated in a stool sample from healthy male pygmy. New microbe and New Infect Journal 2020; 34: 100644, Elsivier Publisher. DOI: 10.1016/j.nmni.2019100644.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post